Eclipse schował Ci bezczelnie plik .htaccess albo jakiś inny plik zaczynający się od kropki?
Quick Fix:
1. W PHP Explorer (czy też Package Explorer), czyli w tym okienku zwykle po lewej z listą plików z projektu kliknij na strzałkę w prawym górnym rogu tego boksu (View Menu).
2. Z menu wybierz Filters
3. odznacz .* resources
4. have fun 😉